Aqui la historia comienza cuando Sakura ya es Card captor desde hace tres meses y se encuentra persiguiendo a la carta "The jump". Tras esto, Sakura nos presenta a su familia (Kero incluido) y se va a su escuela encontrandose a Tomoyo en el camino y Sakura explica que ella es su mejor amiga y es la unica persona a la que le a contado que es Card captor y hace sus vestuarios.

Después de conocer a los primeros personajes, Sakura cuenta como fue que se convirtió en Card captor un día que se encontraba viendo los libros de su padre en su biblioteca. Sakura abre el libro y de el sale una creatura extraña que se presenta como Kerberos, el le dice que su trabajo es cuidar de las cartas que son guardadas dentro del libro, pero Sakura y Kero descubren que el libro esta vacio y Kero encomienda a Sakura la caza de las cartas, ya que al haber abierto el libro, ella es poseedora de magia.

Unos meses más tarde, llega un chico de Hong Kong llamado Syaoran y le exige a Sakura que le entrege las cartas que ella tiene, provocando con esto, una pelea con Touya, el hermano de Sakura.

En el manga, Meiling y Wei no aparecen. Syaoran vive solo en su apartamento y esto preocupa a Sakura, quien le pregunta si no se siente solo. Desde ahi, Syaoran empieza a sentir cierta simpatía que se convierte en sonrojos y huidas a gran velocidad cada vez que ve a Sakura o esta se porta amablemente con el.

Tambien aparece Kaho Mizuki quien comienza a poner nervioso a Syaoran pues sospecha que ella tiene poderes extraños. Unido a esto, Kero comienza a tener recuerdos de Yue y Sakura comienza a tener sueños extraños sobre una persona de cabellos largos y alas.

Pasa el tiempo y Sakura logra juntar la ultima carta, "The Earthy" en el templo Tsukimine (y a partir de este momento, Syaoran y Sakura comienzan a llamarse por sus nombres). Sakura escribe su nombre en la ultima carta y Yue, el juez de las cartas Clow, aparece.

Sakura debe vencer a Yue o todas las personas que se llegaron a relacionar con las cartas Clow, perderan sus sentimientos hacia aquellos a los que aman, asi que Sakura se niega a rendirse y Kaho le presta su ayuda combinando el baculo de Sakura y la campana de Kaho, estos forman el nuevo báculo de las estrellas el cual vence a Yue y este se convierte en el nuevo guardian de Sakura junto con Kero.

Esta segunda parte tiene su final en el tomo 6 cuando Kaho se marcha a Inglaterra y todo regresa a la normalidad... por el momento...
La paz y la tranquilidad han llegado para Sakura, ya que ahora a reunido todas las cartas Clow y Yue es su guardían y no su enemigo. Con esto, Syaoran planea regresar a Hong Kong y Sakura se entristece por esto, pero a los pocos minutos de que Syaoran dijera esto, aparece un nuevo alumno en la clase, quien es muy amable y gentil con Sakura.

Eriol y Sakura se llevan tan bien desde el primer día, que comienzan a llamarse por sus nombres, lo cual enfurece a Syaoran (a quien le tomó 6 tomos del manga llamar a Sakura por su nombre -_-'). Syaoran decide quedarse un poco mas en Japón lo cual alegra a Sakura.

Ahora cada vez que Eriol conversa con Sakura, Syaoran aparece de la nada en medio de los dos mientras le dirige una mirada fulminante a Eriol quien se percata de los sentimientos de Syaoran.

Syaoran no comprende lo que siente y tras hacer un osito de peluche para nadie al parecer, Yue aparece frente a Syaoran ayudandolo a darse cuenta de quien es la persona que realmente ama. Syaoran comienza a recordar todos los momentos en los que ha estado con Sakura y comprende que la persona a la que ama es ella. Después de eso, Sayoran le dice a Sakura que Yukito no es la persona a la que el ama y que es otra persona. Syaoran esta por decirle quien, pero sale corriendo antes de decirle cualquier cosa dejando el osito abandonado con Sakura. Al día siguiente Sakura le comenta a Syaoran que dejo a su osito pero ella lo recogio. Syaoran le dice a Sakura que se lo quede, pero no le explica la razón.

Después de un tiempo, Sakura le confiesa a Yukito que ella esta enamorada de el, pero Yukito le hace entender que ella lo quiere como quiere a sus familiares y que debe buscar a la persona correcta. Sakura comprende esto, pero se siente muy triste y es consolada por Syaoran, quien aun no le ha dicho nada a ella de lo que él siente. (Por que siempre es interrumpido y de las maneras más extrañas que pueden haber... ¬_¬'). Sakura se siente mejor y agradece a Syaoran invitandolo a un festival y haciendo para él, una Yukata.

Sakura esta por cambiar todas las cartas Clow en cartas Sakura y es en ese momento cuando Eriol revela ser la reencarnación de Clow Reed. Eriol obsurece la Tierra y le dice a Sakura que debe hacer algo o la gente dormirá para siempre. Yue y Kero deciden ayudar a Sakura y entran al báculo mágico y Syaoran le presta sus fuerzas. Con esto, Sakura convierte las ultimas dos cartas, "The Light" y "The Dark", en cartas Sakura.

Repentinamente aparece el papá de Sakura, Fujitaka, quien no fue afectado por la magia de Eriol y parece no entender el porque de que todos esten sorprendidos de que el este despierto. Eriol les explica que Clow Reed decidió morir porque con toda la magia que tenía el podía ver el futuro y eso entristecía a Clow. Al morir, trató de reencarnar en dos personas (Eriol y Fujitaka) para que la magia se dividiera en dos, pero no pudo y toda su magia termino en manos de Eriol, por lo que Eriol provoco que Sakura cazara las cartas Clow y después las convirtiera en cartas Sakura, para que incrementara su magia y fuera más fuerte que Clow Reed y ella dividiera la magia de Eriol y asi Fujitaka obtuviera la otra mitad, justo como debió ser.

Sakura lo logra y a partir de ese momento, Fujitaka puede ver a su difunta esposa, Nadeshiko, cada vez que el lo desea. Sakura regresa a su vida normal y Eriol debe irse a Inglaterra junto con Kaho, ya que ellos se aman y planean tener una vida feliz juntos.

Sakura camina con Syaoran a la salida de la escuela, y es en ese momento que Syaoran le confiesa a Sakura sus sentimientos. Sakura se siente confundida por la confesión de Syaoran y tras recibir un regalo de Kaho para Syaoran ella va a visitarlo y se entera de que el debe regresar a Hong Kong al día siguiente. Sakura se marcha triste a su casa y sus amigos la aconsejan y apoyan logrando que Sakura se de cuenta de sus verdaderos sentimientos hacia Syaoran. Sakura pasa toda la noche fabricando un osito de peluche y al terminar corre hasta la parada de autobuses donde Syaoran se prepara para ir al aeropuerto y es ahí donde Sakura le hace entrega de el osito de peluche (según Tomoyo si le regalas a alguien un osito de peluche hecho por ti mismo, le prometes amor eterno a esa persona) al mismo tiempo que le confiesa su amor, el autobús comienza a avanzar y Sakura promete esperarlo por siempre.

Años más tarde Sakura sale corriendo de su casa para llegar a la escuela y en su camino se encuentra con Syaoran quien a regresado para cumplir su promesa, ambos se abrazan y Sakura llora feliz diciendo “Ahora estaremos juntos por siempre”...